《魂斗罗4》发生在《魂斗罗 III 异形战争》两年之后。在从红色猎鹰手中拯救了地球之后，Bill Rizer和Lance Bean又面临着新的宇宙生物的威胁——黑蛇组织。此次外星军队还联合了唯利是图的雇佣军部队疯狗和毒蝎。我们的勇士们又将面对一场新的战争。 

《魂斗罗4》提炼出2D卷轴游戏的精华，给玩家们带来跳跃、射击、紧急躲避等一系列纯粹的动作乐趣。利用新的双屏系统，游戏的动作空间更大，让玩家有更大的活动区域，也承受着来自全方位的威胁。使用到双屏的大型BOSS战需要玩家去寻找并摧毁庞大怪物的弱点。本作还将首次在系列的游戏里引入“抓钩”这一装备，让玩家可以攀爬到环境中的高处。这一道具还让玩家们可以躲避一些致命的威胁，这会给游戏带来全新的战斗思维和戏剧化元素，让关卡更加紧张刺激。