《发明工坊3:苍之巨神》延续前作精神，故事背景设定在战事结束后，经济开始蓬勃发展的“福克拉姆帝国”，一座专门以教育与研究并行的复合式教学机构－“帝国青少年学院”里头展开，全新的美少女们－霸道的“帕西亚迪文明研究会”会长“阿玛妮卡”，老是妄想征服世界与赚大钱，和拥有天使般纯洁心灵的“梅尔”、喜爱钻研考古学的“艾尔娜”、老是被阿玛妮卡欺负骚扰的“莉耶”，以及神秘却身材超优的美少女“卡露”等，在阿玛妮卡的胁迫下，一行人浩浩荡荡地往地下城遗迹出发。

在地下城冒险时，不免会遇到战斗场面，这时将以小队为操作单位，游戏设定一支小队有3位队员，最多可以组成6支小队，在地下城移动时，小队最前面的成员速度值将会影响地下城的战斗、武器的射程和攻击力……等，因此了解每位成员的特色，安排移动与打斗顺序，将会成为致胜的关键。

为了维持研究会的运作，“名声”和“资金”也是玩家要注意的地方，若是将到手的宝物交付给正规机关，就可以获得较高的“名声”，卖到黑市的话，则可以获得较多的“资金”，但是名声会相对降低。不过满脑袋只想到钱的会长，除了卖宝物之外，也会命令其他成员在地道打工、贩售商品，或是担任志工等课外活动来获得“资金”与“名声”。